经院哲学是教会学校的主要课程，这门课程主张理性服从信仰，哲学应是神学的婢女，人们学术活动的中心任务，就是论证基督教教条的正确性。经院哲学的创始者、爱尔兰人爱利吉纳认为，真正的宗教便是真正的哲学，真正的哲学也就是真正的宗教。两者的不同之处，仅仅在于哲学以思考为主，而宗教以信仰为主。意大利的托马斯·阿奎那是经院哲学的代表人物，他死后先后被3位教皇宣布为圣徒、天主教会博士和宗教哲学的最高权威。他的著作《神学大全》被尊为经院哲学的百科全书，作为欧洲中世纪大学的神学教材长达几个世纪之久。托马斯·阿奎那在该书中声称，理性与信仰一致，信仰是心灵的最高能力，身体隶属于灵魂，物质隶属于精神，哲学隶属于神学，世俗则隶属于教会。他认为，上帝创造世界，宇宙中的一切都是按等级的阶梯来安排的，从非生物体开始逐级上升到植物界、动物界，再进而上升到人、圣徒、天使、上帝。而教皇则是上帝在人间的代表，位在世俗君主之上。他还认为，下级服从上级，上级统摄下级，俗人服从僧侣，国王服从教皇。托马斯·阿奎那由此证明，上帝安排的封建等级制度及教阶制度都是合理的。上述经院哲学思想，直到今天仍在影响着世界。