石亨有点害怕，主动去御前请罪，请求这事儿就这么算了，石彪也不再谋取留守大同，但请不要杀张斌，将其免官放归田里可好？明英宗这回却没有答应，而是将石彪也收入诏狱调查，结果在石彪家里抄出来蟒袍龙衣等大量违制物品，该当死罪。明英宗将石彪收押，又免了石亨的职，这时才来深议“夺门”之事，追宄石亨党羽，但凡石亨引荐的官员一律罢免，朝政为之一清。虽然“夺门”这个功劳不算了，但石亨毕竟在此前战功卓著，明英宗还是赦免其罪，令其回家闲住。
然而，恰如徐有贞因为谗杀了于谦，不容于天下士子，再难起复，石亨更是很多人必杀之而后快的对象。锦衣卫不断收到致命的举报，称石亨之前有各种谋逆行迹。比如石亨当大同总兵时有一次入京经过紫荆关，对左右说：“严守此关，据守大同，京师无可奈何。”隐然有在大同割据之意。石亨掌管天下兵马之后，用侄子石彪镇守大同，对私党夸口说：“北拥紫荆关，东据临清（山东西北部），决开高邮（扬州高邮，当时京杭大运河入长江口）堤坝，断绝饷道，京师不用血战就可拿下。”有一次石亨在家突然对心腹卢旺、彦敬说：“我这位置，你们眼馋吧？”两人不明就里，石亨得意地说：“陈桥兵变（宋太祖兵变篡周立宋之举），史书不称为篡逆。你们助我成大事，我的位置不就是你们的了？”