苏轼只身一人跟朝廷斗争，朝中也没有其他人站出来替他说话。没过多久，他就被朝廷免职逮捕下狱，押送京城，交御史台审讯。当时，与苏轼关系密切的亲友，如苏辙、司马光、张方平等20多人也受到牵连，这就是历史上著名的“乌台诗案”。此名的由来，据说是御史府（台）中有许多柏树，常有数千只乌鸦栖息在树上，晨去暮来，号为“朝夕乌”，所以此案被称为“乌台诗案”。
苏轼下狱之后的日子可谓是凄惨至极，惶惶不可终日，他仿佛觉得自己的末日已经来临。狱中的那些审讯者居然也趁火打劫，总是通宵达旦地对他进行辱骂和恫吓，逼迫他承认曾利用诗句愚弄朝廷、毁谤国事。在巨大的精神压力下，苏轼不得不作了数万字的交代材料。然而一件小事的发生，让狱中的苏轼大受惊吓，许久都缓不过来。他在湖州被捕时，曾与儿子密约，送饭时只送蔬菜和肉，有坏消息的时候再送鱼。可不巧的是有一天，他的儿子苏迈因离京去别处筹钱，就把给父亲送饭的事情暂时托付给朋友。因为走得匆忙，没来得及告诉朋友他们父子之间的约定。更巧的是，这位朋友恰好给苏轼送了一条熏鱼。苏轼揭开饭盒后，看到里面有一条鱼，顿时大惊失色，以为自己必死无疑。随即在《狱中寄子由》里写下了“梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡”等诗句；又给弟弟苏辙写了“与君世世为兄弟，再结来生未了因”的诀别诗。